Masjid Perak Kotagede merupakan masjid bersejarah yang dibangun pada 1937. Di tahun yang sama jumlah jamaah Masjid Mataram Kotagede sudah melebihi batas sewajarnya. Oleh sebab itu masjid ini berfungsi sebagai tempat beribadah seperti sholat berjamaah, tadarus bersama, dan pengajian bagi warga sekitar Kotagede selain di Masjid Mataram Kotagede.

Masjid yang terletak di wilayah yang terkenal dengan pengrajin perak ini sempat direnovasi menjadi segi arsitektur bergaya modern Islam dengan peresmian oleh Prof. Dr. M. Din Syamsuddin selaku Ketua PP Muhammadiyah pada tahun 2013, setelah bencana alam yang mengguncang Yogyakarta pada 2006 silam.

Namun, dibalik kemegahan arsitektur luar Masjid Perak Kotagede tersimpan
barang-barang antik yang masih digunakan seperti jam besar tua, lampu serta
ternit pada setiap sudut dalam masjid tersebut.